1939.01.23-ával a honvédséget alapjaiban szervezték át. Ezt indokolta a Darányi-féle fejlesztési program, a fegyverkezési egyenjogúság, valamint a külpolitikai változások is. Az átszervezés a kerékpáros csapatnemet is érintette: az első verzió (az eredetileg 1938.10.01-jével tervezett átszervezés) szerint a zászlóaljak 8-15-ig terjedő számozást kaptak. (Ez végül az 1939.01.23-ával életben lépett szervezés szerint 9-16-ra változott. Egyben alárendeltségi viszonyaik is megváltoztak, fokozatosan a megalakuló Gyorshadtest lovas-, valamint gépkocsizó dandárjainak alárendeltségébe kerültek. Elsőként a 10. kerékpáros zászlóalj jelent meg a hadrendekben, mint az 1. gépkocsizó dandár alakulata. Az alárendeltség és a feladatok jellege mellett a szervezeti felépítés is megváltozott: a kerékpáros zászlóaljak hadrendjében megjelentek a páncéltörő ágyús és kisharckocsi szakaszok, valamint gépvontatású közepes tarackos ütegeket rendeltek alájuk. A géppuskás századok nehézfegyver-századdá alakultak, Krupp félrajkocsikkal felszerelve, a géppuskák mellett nehézpuskás szakaszok is megjelentek a hadrendben. A mozgékonyság fokozására a győri program keretében beszerzett, illetve legyártott járművekből a kerékpáros zászlóaljak is részesedtek.
Szervezési átalakítások
A fenti minőségi változások mellett két alakulatot (a 9. és a 11. kerékpáros zászlóaljakat) megkezdték felszerelni a frissen gyártott 1938 mintájú Toldi-I könnyűharckocsikkal, egyben szervezetüket is ehhez alakították. De a tervezett módosítások (zászlóaljanként összesen 95 könnyű és egy közepes harckocsi, valamint 12 páncélgépágyú) csak részben léptek életbe. Ennek egyik oka az 1941-es hadműveletekben történő részvétel, másik oka a harckocsigyártás tervezettől elmaradó üteme volt. Így a két zászlóalj végül egy alkalmi (1941.06.15-étől életbe lépő) szervezettel vonult el a harctérre, ami zászlóaljanként – a közvetlen alakulatok mellett – két-két kerékpáros, illetve könnyűharckocsi-századot jelentett.
További átszervezések:
1940.12.01-jétől állították fel a hadtestközvetlen (ún. „kis típusú”) kerékpáros zászlóaljakat, amelyek három helyőrségben alakultak meg mozgósítás esetén felállítottak a többi hadtest számára is kerékpáros zászlóaljakat. A három hadtestközvetlen kerékpáros zászlóalj megalakulásakor két kerékpáros századból állt. Ugyanakkor a VIII. kerékpáros zászlóalj magába olvasztotta a megszüntetett határvadász kerékpáros századok (tartalékos) emberanyagát és felszerelését is. Fennállásuk alatt a hadtestközvetlen kerékpáros zászlóaljak is fokozatos erősödésen mentek keresztül, bár működésüket a hadműveletek erősen befolyásolták.